ハードディスクは容量もさることながらアクセス速度も重要。
起動用HDDとデータ用HDDって分けた方が良い?
実際には分けなくてもいいと思います。最近はハードディスクの大容量化が進んで、昔みたいに何台も増設しなくてもいいようになってきました。TV録画などをする場合は別ですが・・・。
ただ、速度重視であれば起動用にはSSDが非常に高速で発熱も騒音も無くオススメです。データ用には大容量HDDなどが好ましいと思います。データが消えると困る方はデータ用HDDをRAID(ミラーリング)しておけば少しは安心です。
パーティションですが、絶対に分けなければいけないというものではありません。