マザーボードは一番のメインパーツです。機能重視かコストパフォーマンス重視かで選びましょう。
何が違うのか良く分からない。
何を選べばいいか分からないパーツの1、2を争うパーツがマザーボードではないでしょうか?
でも難しく考える必要はありません。チップセットが違うと性能が極端に変わる訳ではありません。(多少は違いますが)何を選ぶポイントにすればいいかと言うと「必要な機能」で選ぶのが一番いいと思います。USB3.0やギガビットLAN、RAID機能や無線LAN。サウンド機能やオンボードビデオ機能など様々です。
どんな機能が自分にとって必要なのかを考えるとかなり種類は絞られると思います。あとは好きなメーカーなどで選んでしまえば問題ありません。